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Infinium assay |
Goldengate assay |
실험
Workflow |
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Sample
실험기준 |
샘플요구량 및 농도 :
1~2 ug 이상 (샘플QC 포함),
농도 50 ng/ul 이상
Sample quality : 260/280 1.7 이상
260/230 1.7 이상
전기영동시 절대 깨지지 않은 샘플
Amplified sample은 본 플랫폼에 적합하지
않습니다. |
샘플요구량 및 농도 :
1~2 ug 이상 (샘플QC 포함),
농도 50 ng/ul 이상
Sample quality : 260/280 1.7 이상
260/230 1.7 이상
전기영동시 깨지지 않은 샘플
Amplified sample은 별도 문의 바랍니다.
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* Goldengate OPA (Oligo Pool Assay) Design
Goldengate customized chip을 제작하기 위해서는 일단 연구 목적에 맞는 candidate SNP list를
선별하는 것이 중요합니다. 일반적으로 아래와 같은 기준에 의하여 candidate SNP list를 선정하고
있습니다. ㈜마크로젠에서는 고객의 OPA 디지인 서비스를 제공하고 있습니다.
 Haplotype tagging SNPs (htSNPs)
High heterozygosity (>0.1) & high MAF (>0.05)
Moderate LD between SNPs (LD: 0.25~0.3정도 적당)
SNPs in highly conserved regions of the gene
SNPs previously studied
SNPs identified by multiple submitters in multiple sites.
먼저 고객께서 연구 목적에 맞는 candidate SNP list를 선별하여 rs#, sequence, gene, region
(physical position start-end) 형태로 제공해 주시면 OPA 제작 가능여부를 판별하게 됩니다.
이 작업을 SNP scoring 작업이라고도 하는데, illumina oligo probe 제작이 가능한지 여부를
SNP score로 점수화 시키는 과정을 말합니다. 여기서 SNP score란 0~1.1 사이 값으로 probe 디자인
성공여부를 알려주는 척도입니다.
일반적으로 SNP score가 0.6 이상이면 성공적으로 probe 제작이 가능하게 됩니다.
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다음은 SNP scoring 진행 단계에서 발생할 수 있는 fail code입니다. candidate SNP 목록을 작성할 때
아래의 항목을 검토하여 선정하면, 보다 쉽고 신속하게 OPA 디자인을 완료할 수 있습니다
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Critical failures (undesignable)
101= Flanking sequence is too short.
102= SNP or sequence formatting error. SNP must match the format:[X/Y]
Possible causes:
- Spaces found in submitted sequence.
- More than one set of brackets in sequence. Missing brackets around SNP
- SNP alleles not separated by a “/”
103=Top/Bot strand cannot be determined. Low sequence complexity
104=SNP is not appropriate for Illumina platform.
Possible causes:
- Tri- or quad-allelic SNP
- Insertion or deletion polymorphism
- SNP contains characters other than A, G, C, or T
106=Degenerate nucleotide(s) in assay design region
- e.g. W, R, S, N, etc.
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Warnings (designable)
301=SNP in duplicated/repetitive region
302=Tm outside assay limits
340=Another SNP in this list is equal to or less than 60 nucleotides away.
399= Multiple contributing issues
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